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隨著水產養殖業的不斷發展，抗生素在水產養殖中的應用越來越廣泛，它極大地促進了水產養殖業的發展。但是，由於使用抗生素容易產生耐藥菌株、容易破壞水產養殖動物的微生態平衡，使水產養殖動物的病害防治越來越困難。由於抗生素在水產養殖動物體內容易產生藥物殘留，水產品的安全得不到保證。因此，為了人類的健康和水產養殖業的可持續發展，我們必須科學、公正地對待抗生素在水產養殖中的應用 。
抗生素在水產養殖中所起的作用
１．防治疾病。水產養殖動物疾病有許多是由致病性的細菌、真菌等病原微生物通過直接或間接途徑感染
引起的。利用抗生素可以有效地抑制或殺滅這些致病微生物，抗生素的應用使水產養殖中許多暴發性疾病得到控制，這是抗生素在水產養殖中大量使用的主要原因。
２．促進生長。大量的研究試驗證明：使用抗生素可以改善水產養殖動物腸道內部的狀況，如使嗜酸性粒細胞的數量減少，腸道內壁的有效吸收面積增加等，這些變化將有助於水產養殖動物對營養物質的消化吸收。投喂含有某些抗生素的飼料可以減少腸道微生物的產氨量，從而減少水產養殖物件用於維持氨過量引起的代謝增強所需的能量和營養物質，使更多的能量和營養物質用於生長。
３．節約營養成分。在水產養殖中使用抗生素可以減少水產養殖物件對維生素、氨基酸以及礦物質等營養成分的需求。
抗生素在水產養殖中的應用帶來的副作用
１．耐藥菌株的產生。耐藥菌株的產生使水產養殖中的用藥量越來越大，藥效也越來越差。這樣，既增加了生產成本，又增加了疾病的防治難度，同時對人類的公共衛生也構成了威脅。２０００年６月，世界衛生組織呼籲各國在食用動物養殖中謹慎使用抗生素。
２．在水產品中產生藥物殘留。水產養殖動物服用抗生素後，抗生素通過水產養殖動物的血液循環系統大部分被排出體外，少部分則會殘留在水產養殖動物體內的組織中，並且隨著抗生素的多次使用在體內蓄積起來。抗生素殘留在影響人類身體健康的同時，也影響著水產養殖業本身的可持續發展。
３．破壞微生態平衡。養殖水體是水產養殖動物賴以生存的環境，其中有許多有益微生物，水產養殖動物的腸道裏也有大量有益微生物。這些微生物在維持水環境的穩定和水產養殖動物的代謝平衡方面起著關鍵性的作用，成為水產動物體內外微生態平衡的重要組成部分。抗生素的使用在抑制或殺滅病原微生物的同時，也可能會抑制或殺滅這些有益微生物，使水產養殖動物體內外的微生態平衡被打破，由於微生態環境惡化或消化吸收障礙而引發新的疾病。
４．對免疫系統有抑制作用。抗生素對免疫系統的抑制作用主要表現為對吞噬細胞的抑制。一是抗生素直接影響吞噬細胞的功能；二是抗生素通過影響微生物而影響吞噬細胞對微生物的趨化、吞噬和殺滅等功能。
抗生素在水產養殖動物病害防治中有顯著的效果，其利弊之間的矛盾日益突出。因此，為了人類的健康和水產養殖業的可持續發展，我們應該科學、合理地認識抗生素的利與弊，在生產中謹慎使用抗生素。