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民國90~93年，內政部為離島建設業務之幕僚單位，依照「離島建設條例」，積極推動離島建設業務，包括完成離島建設條例多項子法之訂定，以及補助離島地區辦理交通、觀光、水資源開發、農業建設、教育文化、環保醫療及社會福利等重大建設業務。
民國93年9月，「行政院離島建設指導委員會」及其基金運作等相關業務，由內政部移交經建會辦理。經建會審視過去離島建設實效與國際上發展實例，發現小型島嶼之環境特別脆弱，不當或過度開發往往反而遭致資源之枯竭，環境品質劣化。為使離島建設朝向更具整體性、系統性的方式規劃與永續經營，行政院於94年4月7日通過「離島建設業務檢討及改進方案」與「促進離島永續發展方針」，確立離島建
參、離島計畫之提審程序
目前離島建設基金之各項補助計畫，係由各離島縣政府彙整提案單位所擬計畫報經建會與中央目的事業主管機關，如農委會等審核。由目的事業主管機關辦理初審，再將審查意見送經建會辦理複審，審查完成後，再送「離島建設指導委員會」工作小組進行最後核定事宜。審議作業程序，如次：
一、提案單位
（一）離島縣政府各局處室
（二）離島各鄉鎮公所
（三）離島民間團體
二、補助項目
（一）地方特殊產業之輔導
（二）離島居民之交通費用
（三）緊急醫療救護
（四）水資源及能源開發、節約措施
（五）縮減數位落差
（六）離島發展人才培育
（七）學童教育補助
（八）離島歷史文化保存
（九）離島生態保育、環境維護
（十）離島永續發展研究與國際交流
三、審查流程
（一）計畫提案
1. 依照經建會所提供之「離島建設基金補助計畫個案計畫格式」填寫計畫內容。
2. 由各離島縣政府彙整地方提案計畫，並確認計畫內容是否符合離島永續發展方針補助項目。
3. 將所有計畫統一編號，並排定所提計畫之優先順序，併同提案彙整表，分送交經建會與中央主管部會審核。
（二）事務性審查（初審）
1. 中央主管部會就各計畫內容，確認是否為其主管業務內容，且該計畫是否已在公務預算內重複補助，填寫事務性審查表送經建會辦理；若有疑義，則予以退件或由經建會進行跨部會協調。
2. 經建會受理各彙整計畫資料後，交由離島計畫辦公室檢核補助計畫之內容書圖格式是否完備，並進行提案計畫編目與事務性審查檢核表的補充。