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由於在CPUE研究上的複雜性（如前所述），加上各種參數的不確定性及不同的VPA模式架構，使得VPA的解析更為複雜。圖六為其中較具代表性的三組實例，根據結果顯示，補充群資源量（幼魚資源量）從1970年起就顯著下降，直降到1990年代中期，但在程度上有所差異。最近的補充量估值大約是1970年水準的三分之一。其中沒有VPA結果的1993-1995年補充群資源量，依據澳洲的標識放流資料及在大澳洲灣的航空調查結果，應該仍在低水平狀態。
親魚資源量部分，很明顯地是低於管理目標1980年的水平。從圖六來看，不同實例顯示出近幾年親魚資源量變動差異很大，從「持續地下降」到「自1994年開始回轉上升」的結論都有。這些差異主要是來自所謂「plus group」（VPA解析過程中將某個歲數以上的年級群合併成一個年級群，如8歲以上者為「8＋群」，12歲以上者為「12＋群」）資源量的處理方式和所採用的CPUE標準化結果不同。總合來看，合併各個國家的不同假設後，目前資源量估值大概在1980年的25％.53％水平。
科學委員會亦根據日、澳、紐三國同意的一組VPA結果，再加上某個範圍的不確定性考量，進行一些中期到長期的資源量預測，以檢視若維持目前的全球漁獲量水平，往後幾年的親魚資源量將會如何變動，並預測親魚資源量恢復到1980年目標水平的可能性。根據預測結果，親魚資源在2020年前恢復到1980年水準的機率，採用日本的權重評估結果是65％，但根據澳洲的權重只有14％，紐西蘭有7％，相差相當大。若接受日本提出的不確定參數的處理結果，則計算結果顯示，採用日本的權重資源恢復的機率升高到75％，甚至可到87％，但採用澳洲的權重則仍只有24％，而採用紐西蘭的權重則計算無法收斂，也就是無法求到結果。歸納這些結果，在2020年前將希望親魚資源量恢復到1980年水平的機率為6％.87％，差異範圍相當大。日本認為資源恢復的機率很大（暗示可放寬配額管制），但澳洲和紐西蘭則認為資源狀況仍相當不良，要達到目標的機率仍很小。
日本和澳、紐的評估結果會有那麼大的差異，主要是因雙方所採信的一些假設不同，特別是(1) 對親魚群的定義(與plus group有關)，及(2) 對CPUE（或漁獲率）的解釋。日本設定親魚群是8歲以上魚群，而澳、紐設定親魚群是12歲或10歲以上，而8歲至11歲魚的資源量估值很大，因此造成各種假設下的總資源量估值差異很顯著。至於CPUE在解釋上的歧見，主要是因為雙方在資源分佈的假設上沒有共識，造成對沒有作業地區之資源意義的解釋不同，因此單位努力漁獲量的標準化結果也截然不同。
除以上兩點之外，使用不同的VPA模式、不同的權重分配，也是造成差異的原因之一。紐西蘭認為，日本對其計算得並顯示最近幾年漁獲率上升的漁獲率資料，給予很高的權重，才會產生這麼樂觀的預測結果。經過一些爭論，最後在資源評估結果上，仍沒有達成一致的結論，只在某些論點上取得共識，這些論點包括：非會員國的漁獲量過高會影響評估結果的可靠性、補充到漁場的小魚量仍在降低等等。
為解決不同假說下CPUE資料的不確定性，日本在1998年7月和8月，以及1999年6月至8月，進行試驗性漁獲調查計畫（Experimental Fishing Program，EFP）。其計畫設計目的為估計在日本漁業（或稱商業性漁業）沒有漁區的南方黑鮪密度，與漁民可自由選擇的漁區作比較。1998年的調查結果顯示，在商業性作業漁區外的南方黑鮪資源密度約為漁區內的30％.60％。這個結果似乎支持原先的一個假設，在商業性作業漁區之外的其他漁區，仍分佈有不少數量的南方黑鮪。不過澳洲和紐西蘭對日本的結果仍有一些疑慮，認為日本於1998年及1999年間所進行的試驗性漁獲，有害於南方黑鮪漁業資源，主張日本應該將進行漁獲試驗的漁獲量，算入其國家的配額中，並未得CCSBT其他締約國的同意下，不得單獨進行漁獲試驗，就此爭議向海洋法法庭提請仲裁，而法院亦同意澳洲及紐西蘭的看法。
小結
為採取有效的養護及管理方法來持續和回復南方黑鮪漁業資源，以達到最大持續生產量（MSY）的目的，對於漁業資源的概況，如魚群數量、分配密度、CPUE等等的評估結果，對於漁業資源的養護及管理方法，有著決定性的影響，兩者間息息相關；是故本文於說明南方黑鮪資源管理的策略前，先就南方黑鮪的資源概況作一初步的介紹。
南方黑鮪漁業資源的管理
管理機構
1952年日本開始擴張其遠洋鮪釣漁業後，即有船隊針對南方黑鮪作業，至1961年漁獲量達77,927公噸創歷史高峰後，即不斷減產。而澳洲亦於1950年代開始發展南方黑鮪漁業，惟漁獲多以幼齡魚為主。除日、澳兩國外，其他尚有紐西蘭、韓國、印尼及我國從事南方黑鮪漁業。由於全球南方黑鮪總漁獲量自1961年達81,605公噸之歷史高峰後，即逐漸減產，顯示資源已呈枯竭現象，面對日益減少的漁獲率，使得相關漁業國不得不建
立限制漁獲量之共識。
日、紐、澳三國為配合1982年聯合國海洋法公約要求，及進一步強化以往三邊自發性協議之執行功能，於1993年5月間正式簽署「南方黑鮪保育公約」，成立「南方黑鮪保育委員會」其成立的宗旨為「經由適當的管理，確保南方黑鮪保育與最適利用」。同時在委員會下設科學小組和秘書處，希望加強資源評估及研究工作，並且透過管制漁獲量之手段，期能於2020年恢復到1980年之資源量水準。因此其管理策略上將加強資源評估及監控、會員國配額管理、與各非會員捕魚國達成合作之安排、監控與南方黑鮪有關之捕魚活動（ 貿易產地證明制度）、及採取有效之防治措施等，以下就這些管理策略予以說明。
會員國配額管理
自1985年起，澳洲、日本及紐西蘭三國開始集會商討三國每年的南方黑鮪總容許漁獲量，並在總容許漁獲量內磋商各國漁獲配額，於1986年通過第一次三國配額為38,650公噸，其中日本為23,150公噸、澳洲為14,500公噸、紐西蘭為1,000公噸；1987及1988年三國配額為32,000公噸，其中日本為19,500公噸、澳洲為11,500公噸、紐西蘭為1,000公噸；1989年三國配額為15,500公噸，其中日本為8,800公噸、澳洲為6,250公噸、紐西蘭為450公噸；從1990年至今，三國配額再減為11,750公噸，其中日本為6,065公噸、澳洲為5,265公噸、紐西蘭為420公噸。由上述可知，自1986年起這個資源即以配額方式作管理。日、澳、紐三國的總配額曾經過多次的減少，這個管理顯著降低了漁獲死亡率，特別是對小魚，使得這個資源的補充群得以重建，漸漸也將影響到親魚的資源量。雖然目前對這個資源狀態還不能有明確的定論，但現在資源狀態尚未恢復到適當水準是確定的，因此將來勢必會繼續採用此種配額管理方式。
最近幾年，由於在許多議題上三會員國無法達成共識，包括對資源量預測的結果以及根據這個結果估出的總漁獲量水準，造成委員會相當大的困擾，因此配額的協商變得越來越困難。如紐、澳、日三方就漁獲配額一直難以達成共識，如近年來，配額爭議主要是因日本對該資源狀態的研究都是呈樂觀表現，並主張漁業資源已經逐漸恢復，而且增加漁配額，並不會影響南方黑鮪於2020年回覆到1980年的水準，這個結果與澳紐的研究
結果差異甚大，澳紐則認為漁業資源仍需養護。
惟日本仍依其結果多次要求提高商業漁獲配額至少3,000公噸。另外，日本也一再說明，由於履行配額限制及漁季關閉措施，使其無法蒐集到足夠的資料，以進行完整的評估研究，因此要求給予2,000公噸的科學調查配額。但是澳紐就日本的請求均未予以同意，是故日本於1998年及1999年間單獨的進行試驗行漁獲調查，澳紐雙方對此均表不滿，因此於1999年7、8月間提請仲裁法院為仲裁判斷，而仲裁法院亦做成判斷，認為在未經其他當事國同意前，不得單獨進行試驗性漁獲，除非該國願意將漁獲試驗的漁獲量算入其國家配額中，法院並主張澳洲、日本、紐西蘭應重新磋商，以就養護及管理南方黑鮪的方法達成共識。
繼2000年8月的仲裁判決之後，南方黑鮪保育委員會（CCSBT）於2000年11月18日在澳洲坎培拉召開會議，澳洲、紐西蘭、日本等締結國同意實施南方黑鮪的漁獲試驗調查，由此可見，南方黑鮪資配額的爭議已漸趨和緩。
註：來自本文整理。
非會員國問題
每年南方黑鮪漁獲量中大部分來自公海，在公海作業的會員國漁獲量已受配額管制，但非會員國的漁獲量在近幾年卻仍持續上升，未被監督管理，CCSBT認為這是達成有效限制全球漁獲量的嚴重障礙。CCSBT強調，會員國從1986年起就有配額管理，且多次縮減配額，而非會員國漁獲量持續擴張，不僅增加了資源評估上的不確定性，也降低了目前CCSBT的管理措施的效力和公平性。1996年韓國、印尼和台灣等非會員國的總漁獲量已成長到4,000公噸以上(台灣已於1996年起自我設限，控制漁獲量不再增加)，已達會員國總配額的35%。而韓國、印尼和台灣以外的國家，例如新加坡、貝里斯等的漁獲量也在增加當中。
現今由於配額限制的關係，漁獲物進入日本市場的數量縮減，導致南方黑鮪的價格節節攀昇，更刺激非會員國船隊的積極加入捕撈， 因此CCSBT在解決非會員國的議題上更為急迫，為能有效達成CCSBT的目標，在2020年以前使親魚資源量恢復到1980年的水準，爭取這些非會員國的締約或合作，並經由配額安排來限制漁獲量水平是非常重要的。而除了持續呼籲非會員國相關國際保育協約中規定漁捕國應盡之義務外，CCSBT沒有多大選擇而必須建立一套可鼓勵其他各國願意簽署又切實可行的方案，否則非會員國不願加盟，將使得各參與公約的國家和企業將無法看到限制漁獲量所得到的利益，也無法在資源的復甦上反映。其中，給予配額問題是各國最在意、最有效但也是爭執最厲害的點。
為解決非會員國問題，近幾年CCSBT採取一些措施積極邀請非會員國參加會議，並鼓勵加盟。三個主要非會員國台灣、韓國和印尼在近幾年也都應邀參加科學家和委員會會議，增加溝通瞭解的機會。CCSBT三個會員國在自身的憂心及外部保育組織的壓力下，更在1998及1999年兩次主動出訪三非會員國協商，期望能達成加盟或至少合作的共識，而韓國於2000年11月8日在坎培拉召開的會議中，已經正式加盟。至於我國除因政治問題未能加盟外，配額是其中最重要的拉鋸點，自1996年起我國即配合大會決議，自我設限南方黑鮪漁獲限額為1,450公噸，是唯一非會員國遵守CCSBT規定而自我設限的國家，而韓國和印尼則未予理會，韓國並自1995年年產量300餘公噸，一路增產至目前約2,000公噸，而CCSBT卻要求我國削減漁獲限額，並不合理，是故我國至今一直未加入CCSBT。
貿易產地證明制度
除了上述非會員國的漁獲量增加之外，非會員國及權宜國籍漁船的統計資料不足或不正確也是CCSBT的憂心問題。聯合國的相關法案規定，提供詳實漁獲資料是漁獲者的義務，也是進行正確資源評估不可或缺的關鍵。為了解決非會員國問題，並加強漁獲資料蒐集及提高資料正確性，在CCSBT 1997年第四屆年會時出現引進ICCAT（International Conservation of Atlantic Tunas）管理黑鮪所用的貿易證明制度構想。澳洲與日本兩國企業和漁業官員都建議以ICCAT之黑鮪統計證明書方式，實施在南方黑鮪上，作為長期追蹤漁獲物之機制。在此種計畫下，所有進口至日本的南方黑鮪都要有由船旗國政府核發「原產地證明書」，以便證實漁獲物是由何地運來的，由何海域捕獲的以及是由誰捕獲的。如此一來將可更仔細的追蹤所有在日本銷售的南方黑鮪。對此構想，CCSBT三會員國都有原則性的共識。CCSBT為廣泛蒐集更準確的南方黑鮪作業資料，於1999年11月底召開之第六屆年會作成決議，決定自2000年6月1日起實施「南方黑鮪貿易認證制度(Trade Information Scheme)」，該制度要求CCSBT的會員國於進口南方黑鮪時，應查驗經船旗國主管機關認證之「南方黑鮪產地漁業證明書」(CCSBT Southern Bluefin Tuna Statistical Document)，對於非會員國及區域之改善有損委員會的資源保育措施的漁業活動，在未見其改善時可以進行貿易限制措施之行動計畫。
環境影響問題
南方黑鮪漁業除了本身目標魚種的管理問題外，其對南大洋生態與環境所造成的影響，特別是在南大洋海域，也是眾所矚目。延繩釣在作業時會意外捕獲海鳥和其他魚類，而對生態環境造成負面傷害。海鳥主要是在下和揚繩作業時意外釣獲，而鯨魚、鯊魚、海豹等則是延繩釣和其他表層漁業作業時被捕獲。同樣地，在海中蓄養野外捕獲的南方黑鮪也會對海洋生態系統造成負面影響，另外其需要大量的餌料魚，也會對其他掠食魚種的生存造成影響，以下就南方黑鮪漁業對於海洋中其他生物資源的負面影響作一介紹。