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l．4 遺傳標記
限制性內切酶（RFLP）技術、隨機擴增多態性（RAPD）技術、DNA指紋分析技術、擴增片段長度多態性（AFPL）等分子標記技術用於基因多樣性分析，為種質鑒定和遺傳育種提供依據。Knox（1991）等應用質粒DNA限制片段長度的多態性分別分辨洄游和陸封大西洋鮭的種群和挪威養殖的以及蘇格蘭野生的大西洋鮭的種群差異。Moran（1996）等應用質粒DNA的變異分辨西班牙河流中的人工孵化和野生歐鱒種群並發現種群大小與質粒DNA變異的關係。Carter（1991）等和Gross（1994）等用DNA指紋譜技術分別對雌核生殖羅非魚進行鑒別和小口黑鱸的不同群體的鑒別。孫效文等（2000）將RAPD技術與SSLP（簡單序列長度多態性）技術結合起來，初步建立了鯉魚遺傳連鎖圖譜。王志勇等（ 2002）利用 AFLP技術研究了中國沿海真鯛群體的遺傳變異和趨異。
2 細胞和染色體組技術
2．l 多倍體誘導
通常動植物細胞染色體組為2組。由自然環境因素或人工特殊處理形成2組以上染色體的動物體稱為多倍體。一般人工誘導的主要目的在於利用三倍體，三倍體具有生長快、淨肉率高、肉質好，生命周期長等特點；另外三倍體還有利於種群控制，具有較高的抗病力和抗逆性。Valenti(1975）等對澳大利亞羅非魚的受精卵進行冷處理，誘導出75％的多倍體且孵化率高達90％。洪雲漢（1990）對鱅魚卵在第一次卵裂前進行熱處理，獲得了56．3％的四倍體。Myers（1991）比較了分別由正常受精卵經熱處理和從四倍體與二倍體雜交獲得的兩類三倍體硬頭鱒，發現前者前期生長較差，後者的存活率高但受精率較低。Guo（1996）等採用二倍體和四倍體太平洋牡蠣生產出100％的三倍體牡蠣，其個體比正常二倍體大13％～51％。與在河口養殖近4個月的結果表明三倍體的閉殼肌比對照組重73％，平均體組織濕重高36％。大多數三倍體貝類在夏季期間性腺不成熟，在生長期閉殼股長的重量和糖元指標明顯高於對照組。
2．2 雌核發育
雌核發育指的是卵子需要精子的啟動但精子並不提供遺傳物質的一種單性生殖方式。自然界存在這種單性生殖的水生動物，人工誘發手段也可使未受精卵進行雌核生殖，但產生的個體絕大多數是單倍體，難以存活，需緊接著二倍化的特殊處理。誘發雌核發育除了可以加快建立選育系和控制性別外，還可以使一些稀有的隱性等位基因顯現而產生優良性狀，使具有重要經濟性狀的顯性基因轉為純合狀態，雌核發育後代還可用來鑒定魚類的近交衰退現象等。蔣一矽（1982）等和吳清江（1981）等曾分別成功地應用γ射線輻射魚類精液後誘導紅鯽魚卵和鯉魚卵的雌核生殖。蔡難兒（1995）首先報道了採用與研究魚類人工誘導雌核發育相類似的四步誘導法對中國對蝦進行人工誘導雌核發育，育出三批雌核發育的個體，但要大規模生產仍存在一定的困難。李勝忠等（1997）採取熱休克的方法誘導虹鱒二倍體雌核發育，三次實驗均獲成功。美國為了限制移植的草魚和白鰱
的種群繁殖，用紫外線處理過的鯉魚精子誘導白鰱卵的雌核發育，再經溫差休克處理，獲得了雌核發育魚，但同樣存在受精率和孵化率低的問題。
2‧3 細胞核移植
細胞核移植技術是將一細胞核移植到另一去核的未受精卵或細胞內的生物技術。我國著名生物學家童第周等率先在金魚和魚中進行同種魚的細胞核移植，隨後在這兩種魚間進行了不同亞科之間的細胞核移植，獲得了多種移植的核質雜魚。Yan（1985）等成功地進行了真骨魚類中兩種不同亞科種類之間的核移植，即將草魚的細胞核移植到團頭魴的細胞質，獲得了核質雜交魚。其外表特徵與草魚相似，說明遺傳信息的表達主要是受移入的魚細胞核的影響，而且核質雜交魚的生長率比草魚略快但比短吻鯿要快得多，其生產的精子可與草魚卵回交並獲得了後代。林禮堂等（1996）把鯽魚、鯪魚和尼羅羅非魚的體細胞核移植到鯉魚的成熟去核卵中獲得了不同發育階段的胚胎和幼魚。目前，中國在魚類細胞核移植技術的理論研究和實際應用方面都居世界領先地位。
2．4 細胞培養技術
細胞培養技術是把生物的細胞分離、培養、誘導再生或快速繁殖的技術。目前這項技術已廣泛應用於魚類細胞、珍珠貝外套膜上皮細胞以及海藻細胞等的培養。水產動物細胞培養起始於魚類，同時以魚類細胞培養研究開展得較為系統，已建立的魚類細胞系也較多。這些細胞系具有多方面的用途，可代替活體動物用於病毒研究，可用於染色體制作等遺傳學研究，用於製作細胞疫苗，作為細胞核移植育種研究中供體細胞核來源，以及毒性和水質監測等的指示生物（細胞比魚體對有毒物質更敏感）等。張念慈等（1981）建立了草魚吻端組織二倍體ZC-7901細胞系，陳敏容等1985年建立了鯽魚異倍體細胞系CAB－80，左文功等1986年建立了草魚腎組織CIK細胞系，童裳亮等1989年建立了虹鱒巨噬細胞系。與魚類相比，貝類、蝦類等水產動物的細胞培養研究國內外報道較少，如Hanson等1976年建立了淡水蝸牛胚胎細胞系，徐亞立等最近建立了斑節對蝦PMO細胞系。
3 疾病診斷技術
3．l 單克隆抗體技術
單克隆抗體技術是K和M於1975年發展起來的利用雜交瘤細胞製備大量針對某一抗原決定簇的特異性抗體的技術。單克隆抗體與常規血清抗體相比，特異性強，能識別單一抗原決定簇，且容易製備，能保持細胞系重複獲得相同抗體，因而在水產養殖病原體檢測中得到廣泛應用。如應用於診斷海灣扇貝的鰓立克次體、診斷與魚類及牡蠣相結合的淋巴細胞病毒、檢測菲律賓蛤仔棕環病因弧菌P1。另外，近年來已有人利用此技術製備了抗鰻弧菌的單克隆抗體的抗嗜水單胞菌外毒素的單克隆抗體。
3．2 酶聯免疫吸附檢測
酶聯免疫吸附檢測（EL1SA）是將抗原一機體的免疫反應和酶的催化反應相結合的技術。其基本原理是將抗原或抗體吸附於固相載體上，然後與酶標記的抗原或抗體結合，在適當的底物參與下，使基質水解而呈色，通過呈現的顏色變化來顯示抗原抗體特異反應的存在。ELISA具有靈敏度高、特異性強、反應快速等特點，而且結果可以定量，也可對抗原、抗體以及抗原抗體複合物進行定位分析。ELISA法已用於IPNV、VHSV、CCV、PERV、SVCV、GCHV及IHNV的檢測中。隨著技術方法的不斷更新和改進，特別是單克隆抗體等的應用，使檢測靈敏度和異性大幅度提高（Ristow et al，1991）。Davis（1994）等結合細胞培養技術檢測IPNV，大大增強了檢測的特異性、敏感性和客觀性。